Si nos fijamos, al pulsar Ctrl+H, nos aparecen una gradación de archivos/carpetas con un punto al fuente del nombre, y que volviendo a pulsar esa combinación se ocultarán de nuevo. Como bien habréis deducido, el que tengan un punto delante es lo que Nautilus interpreta como que debe entidad ocultado. Así que, una de nuestra fin para tapar por ejemplo carpetas (sirve igual para archivos), será el poner un punto al fuente del nombre.
Por ejemplo, a la carpeta Manga, si le ponemos el punto delante desaparecerá a no entidad que pulsemos Ctrl+H
También puede darse el acontecimiento de que queramos apoyar oculta esa carpeta, pero tener acceso a ella directamente, para esto bastará con Crear un enlace:
Si por el contrario quieres que siempre estén visibles los archivos ocultos, bastará con acudir a Editar-Preferencias-Vista, y marcar Mostrar los elementos ocultos y de respaldo.
Por supuesto, esta fin es válida para cualquier escritorio con GNOME, y que utilice Nautilus como gestor de archivos.
Fuentes de Información
Ubuntu en concreto, GNU/Linux en general: [Tip] Cómo tapar un archivo o carpeta en Ubuntu/GNOME