Para que no se creen conflictos colocamos el archivo en nuestro directorio home, para que no nos de problemas. Luego cambiamos los permisos a ejecutable, que se puede hacer asi:
chmod +x Nombre del archivo que descargamos o asi:
Hacemos clic derecho en el archivo y elegimos propiedades.
Hacemos clic en la pestaña de permisos, seleccionamos la casilla que dice «Permitir ejecutar el archivo como un programa» y cerramos la ventana y ahora el archivo se ejecutara como un programa.
Para instalarlo abrimos una terminal y escribimos:
./nombre del archivo, presionamos enter, nos debería de aparecer lo siguiente, en donde solo debemos aceptar la licencia:
Si todo salio bien el programa aparecerá en la sección Internet:
Importante: Si desean abrir un archivo deben colocarlo en la carpeta PacketTracer5/saves/ por lo menos a mi solo me abría correctamente los archivos que colocaba ahí, la carpeta por defecto es /home/tu_usuario/PacketTracer5/saves/