Una ocasión me sucedió que instale una aplicación en gnu/linux desde su código fuente con el comando setup.py install, pero no encontraba la forma de desinstalarlo, navegando por la red di con este post.
Se desplegara en la terminal una lista completa de que fue instalado con el comando setup.py install con todo y las rutas, ahora ya depende de ti identificar que rutas corresponden al software que quieres eliminar si es que antes instalaste software con el mismo comando, regularmente identificas la ruta pues trae el nombre del software que deseas eliminar.
Por ultimo queda eliminar los archivos que se encuentran en las rutas correspondientes a mano.
Saludos
By l1mpm4rk.